Методическая деятельность Хилокского краеведческого музея в настоящее время заключается в консультационной помощи руководителям музеев района и людям, ведущих краеведческую кружковую работу. Кроме того, дважды проводились семинары учителей, отвечающих за работу школьных музеев. В ходе выездов по населённым пунктам района осматриваются музейные помещения, даются рекомендации по экспозиции, хранению и др. проблемам.
В 2006 оказана помощь в реэкспозиции музея истории школы № 10, а в 2008 году Закультинского сельского музея. Составлены эскизы художественного решения музея истории школы № 10 и оформлен этикетаж для библиотеки-музея с. Энгорок и Закультинского сельского музея.
В 2022 году музей принял участие в подготовке выставки народных ремёсел в лэнд-арт парке "Тужи".
Составлены и отпечатаны:
1. «Методическое пособие для руководителей музеев Хилокского района» (издания 2002, 2003, 2005, 2006, 2009, 2013).
2. «Методическое пособие по теоретической геральдике для учителей истории, библиотекарей, краеведов» (2003).
3. «Тематика уроков и экскурсий по отделам районного краеведческого музея. Методическое пособие для учителей общеобразовательных школ» (2004).
4. «Структура музейного дневника. Пособие для руководителей местных музеев» (2006).
5. «Описание и атрибуция предметов керамики» (2018).
Помимо методической работы в районе, музей участвует в научных семинарах и конференциях. На сайте публикуется ряд статей, обобщающих опыт нашей работы и передающий наш взгляд на музейное дело.